Die Orgeln von St. Marien sind die unverwechselbaren "inneren Stimmen der Marienkirche".

Große Orgel: Schon vor 1500 gab es eine Orgel in St. Marien. 1510 bis 1518 wurde die zweite Große Orgel an der Westseite des Hauptschiffs von St. Marien gebaut. Ergänzungen und Zufügungen für diese Orgel erfolgten bis 1758. Diese Orgel spielten sowohl Dietrich Buxtehude als auch Johann Sebastian Bach während seines Besuches in Lübeck.

1851 wurde diese Orgel unter Beibehaltung des Prospekts durch einen Neubau ersetzt. Sie wurde zusammen mit der Einrichtung der Kirche 1942 zerstört. Mit einem Neubau 1963 bis 1968 wurde die damals zweitgrößte mechanische Orgel der Welt geschaffen. Auch sie muss leider durch ein neues Instrument ersetzt werden.

Die Große Kemper-Orgel von 1968 ist noch einmal in einem Film zu hören. Sie hat nach ihrer Fertigstellung jahrzehntelang unzählige Orgelfans nach St. Marien gelockt. Leider ist sie wegen eines irreparablen Defekts in der Elektronik für immer verstummt. Sie muss durch einen Neubau ersetzt werden.

Bis 1942 gab es eine von Stellwagen gebaute Zweitorgel in der Totentanzkapelle von St. Marien. 1955 erfolgte ein Neubau im nördlichen Chorumgang. Sie wurde durch eine neue Orgel ersetzt.

Diese von der Firma Führer 1986 gebaute Totentanzorgel ist z. Zt. das einzig spielbare Instrument in St. Marien. Der Film stellt ihre klanglichen Möglichkeiten dar. Auch sie muss technisch und klanglich in einen "optimalen Zustand" versetzt werden.